Innenansicht vom Hauptportal, in der Kirche befinden sich sieben Altäre: der Hochaltar von 1893, das schreinartige Retabel soll den Zusammenhang zwischen Altem und Neuem Bund darstellen. Der Altar flankiert von Engelstatuetten.

Der Gesamteindruck des (heutigen) Innenraums ist durch den Lichteinfall von allen Seiten geprägt. Die gesamtarchitektonische Wirkung wird durch die aus der Bildtradition der Deckenmalerei entwickelten modernen Bildsprache erreicht. Der farbige Aufbau der Glasmalerei betont zudem die Rundung der Apsis und des hohen Chores.

Links am Hochaltar: die reich gewandete Muttergottes trägt auf ihrer rechten Seite das Jesuskind. Dieser ist als Weltenherrscher durch die Weltkugel, die er in seiner Hand hält, ausgewiesen. Rechts am Altar: der heilige Josef, die Figur stellt ihn dar mit dem Jesuskind auf dem Arm.

In den Fenstern der Apsis befindet sich ein umfangreichscher Glasmalereizyklus. Links: Die Taufe Jesu im Jordan. Die Glasmalereien des mittleren Chorfensters zeigt die Auferstehung Jesu. Rechts: Erscheinung Jesu den Jüngern und der ungläubige Thomas.

Bild oben links: Johannesaltar aus dem Jahr 1894. Bild oben Mitte: das südliche Kreuzschiff. Bild oben rechts: Der Barbara-Altar aus dem Jahre 1907 ist ein eindrucksvolles Prunkstück der Pfarrkirche.

Bild oben links: Rundfenster im Querschiff, Ornament von Otto Peters, 1931 - 1932. Ein visueller Rundgang durch den Neheimer Dom.

Die sechs Rundfenstern im südlichen Kreuzschiff und an der Nordseite wurden nach Plänen der Fa. Peters, Paderborn im Juli 1932 montiert.

Fenster im südlichen Kreuzschiff aus dem Jahr 1931 von links nach rechts: Hl. Petrus, Hl. Bonifatus, Kaiser Heinrich.

Bild oben rechts: Die Schmerzhafte Muttergottes (Pieta) trägt den Leib ihres Sohnes in Händen und auf ihrem Schoß. Der Rahmen ist versehen mit den Namen der Gefallenen in 1. Weltkrieg. Bild Mitte: das nördliche Kreuzschiff. Bild oben rechts: Kreuz Christi. Der Rahmen ist versehen mit den Namen der Gefallenen in 2. Weltkrieg.

Die Fenster an der Nordseite von links nach rechts: Hl. Elisabeth, Hl. Anna, Hl. Notburga wurden im Jahre 1932 montiert.

Bild oben links: Marienaltar aus dem Jahre 1894. Bild oben mitte / rechts: Der Herz-Jesu-Altar enthält das Kreuzostensorium, ein monstranzähnliches Gerät für die Zurschaustellung der Kreuzreliquie. Es stammt aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Etwa 1780 erhielt die Johanneskirche die Kreuzreliquie aus dem kaiserlichen Schatz zu Wien. Das Altarbild wurde von dem Neheimer Maler Ritterbach geschaffen. Es zeigt im Hintergrund die Johanneskirche mit Westturm und das ehemalige Rathaus, sowie Portraits Neheimer BürgerInnen.

Der Kreuzweg, angefertigt 1881, stammt von dem Münchner Maler Franz Krombach. Die 14 Stationsbilder stammenursprünglich aus St. Marien, Methler. Die Einweihung in St. Johannes fand 1979 statt.

Bild oben links: ist Christus am Kreuz dargestellt, links darunter seine Mutter Maria und rechts sein Lieblingsjünger Johannes, entsprechend der Bibelstelle: Joh 19:26-27. Bild oben rechts: die Sixtinische Madonna, ein Gemälde, das dem Maler Raffael nachempfunden ist und ein Geschenk des Kronprinzen von Preußen ist.

1929 wurde nach mehr als einjähriger Bauzeit eine der bis heute größten Orgeln der Erzdiözese Paderborn und seinerzeit eines der größten Instrumente im Lande fertiggestellt. Die Firma Anton Feith in Paderborn (ehemals Eggert – heute Orgelbau Siegfried Sauer, Höxter) hatte sie nach dem Vorbild der kurz zuvor erbauten Paderborner Domorgel geschaffen. 58 Register waren auf drei Manuale und Pedal der Hauptorgel im Westturm verteilt, 14 Register bilden bis heute unverändert das Fernwerk über dem Gewölbe vor dem Hochchor.